Barthold Kuijken studoval moderní flétnu na konzervatořích v Bruggách, Bruselu a Haagu. Zkoumání původních nástrojů, častá spolupráce s výrobci různých příčných a zobcových fléten a pilné studium historických pramenů jej přivedlo ke specializaci na původní historické nástroje.

Mnoho let hrál v barokních orchestrech Collegium Aureum a La Petite Bande. Přes 30 let působil jako profesor na konzervatořích v Bruselu a Haagu a nyní jako komorní hráč koncertuje po celém světě. Jeho repertoár sahá až do 19. století.

V roce 2013 získal National Flute Association cenu za celoživotní dílo.