Emanuel Abbühl studoval u André Lardrota v Basileji a Heinze Holligera ve Freiburgu. Již během studia získal několik národních a mezinárodních vyznamenání a cen. Stal se sólohobojistou Sinfonieorchester Basel, následně působil v  Rotterdam Philharmonic Orchestra a v letech 2006 – 2013 byl sólohobojistou London Symphony Orchestra.

Jako sólista a komorní hráč působil ve významných orchestrech po celém světě. S řadou komorních seskupení nahrál mnoho skladeb, mezi nejvýznamnější patří Mozartovy Dechové serenády nebo první nahrávka hobojových kvartetů Sira Petera Maxwella Daviese z roku 2017.

Emanuel Abbühl se věnuje též pedagogické činnosti na řadě významných vysokých hudebních škol, vede mistrovské kurzy po celém světě a v roce 2011 byl jmenován čestným členem Royal Academy of Music v Londýně.